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CRISPR基因編輯技術(shù)進(jìn)化史 Cell綜述

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日期:2025-04-20 08:45:05

  kaiyun全站網(wǎng)頁(yè)版登錄隨著生命科學(xué)的不斷進(jìn)步,CRISPR基因編輯技術(shù)已經(jīng)成為近年來(lái)最受矚目的科學(xué)突破之一。其獨(dú)特的機(jī)制、高效的編輯能力以及廣泛的應(yīng)用前景,使其在全球范圍內(nèi)受到了研究人員和研究機(jī)構(gòu)的高度關(guān)注。

  CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) 技術(shù),是一種利用RNA引導(dǎo)的DNA內(nèi)切酶在特定位置切割DNA,從而實(shí)現(xiàn)基因編輯的方法。自2007年首次發(fā)現(xiàn)CRISPR-Cas系統(tǒng)在細(xì)菌中的自然免疫機(jī)制以來(lái),研究人員經(jīng)過(guò)不懈努力,逐步揭示了其工作原理,并將其轉(zhuǎn)化為一種高效的基因編輯工具。

  CRISPR技術(shù)的出現(xiàn),為生命科學(xué)研究提供了前所未有的編輯精度和靈活性。它不僅能夠在細(xì)胞層面上精確地修改遺傳信息,還能在整個(gè)生物體級(jí)別上進(jìn)行基因編輯,這對(duì)于疾病模型的構(gòu)建、遺傳病的治療以及農(nóng)業(yè)生物技術(shù)的發(fā)展等領(lǐng)域具有深遠(yuǎn)的影響。CRISPR技術(shù)能夠精確地定位并修改生物基因組中的特定序列,為研究遺傳病提供了強(qiáng)大的工具;通過(guò)精確修復(fù)或修改病理性基因突變,CRISPR技術(shù)為遺傳性疾病治療提供了新的可能;CRISPR技術(shù)的應(yīng)用,能夠提高作物的產(chǎn)量、抗性及營(yíng)養(yǎng)價(jià)值,對(duì)全球食品安全產(chǎn)生積極影響。

  隨著CRISPR技術(shù)研究的深入,其在生物醫(yī)藥、農(nóng)業(yè)、環(huán)境保護(hù)等領(lǐng)域的應(yīng)用潛力不斷被挖掘,對(duì)人類社會(huì)的發(fā)展產(chǎn)生了深刻的影響。而科學(xué)界對(duì)于其精確性、安全性和倫理性的持續(xù)探討,也為CRISPR技術(shù)的健康發(fā)展提供了重要的指導(dǎo)。2月29日Cell雜志也對(duì)此發(fā)表了一篇綜述“Past, present, and future of CRISPR genome editing technologies”。

  CRISPR技術(shù)的發(fā)現(xiàn)和發(fā)展是現(xiàn)代生命科學(xué)領(lǐng)域的一項(xiàng)里程碑,它不僅開(kāi)辟了基因編輯的新紀(jì)元,也為未來(lái)的生物醫(yī)藥研究和應(yīng)用提供了無(wú)限可能。

  CRISPR技術(shù)的早期研究始于20世紀(jì)90年代,當(dāng)時(shí)研究人員在一些細(xì)菌和古菌的基因組中發(fā)現(xiàn)了一些重復(fù)序列,這些序列之間由非重復(fù)的間隔序列分隔。這些重復(fù)序列和間隔序列的結(jié)構(gòu)特征,后來(lái)被稱為CRISPR。2005年,研究人員發(fā)現(xiàn)這些間隔序列與細(xì)菌感染的病毒DNA相匹配,揭示了CRISPR序列與細(xì)菌抵抗病毒感染之間的關(guān)系。2007年,Danisco的研究人員首次演示了CRISPR系統(tǒng)可以作為細(xì)菌的一種獲得性免疫機(jī)制,防御外來(lái)遺傳物質(zhì)的侵入。

  CRISPR-Cas9系統(tǒng)的功能機(jī)制在2012年被Jennifer Doudna和Emmanuelle Charpentier等研究人員揭示。他們發(fā)現(xiàn),Cas9蛋白可以利用RNA分子作為引導(dǎo),識(shí)別并切割特定的DNA序列。這項(xiàng)發(fā)現(xiàn)標(biāo)志著CRISPR技術(shù)在精確基因編輯方面的巨大潛力。隨后,CRISPR-Cas9系統(tǒng)因其簡(jiǎn)便、高效的特性迅速成為科學(xué)研究中的熱門(mén)工具,被廣泛應(yīng)用于基因功能研究、遺傳病治療、農(nóng)業(yè)生物技術(shù)改良等多個(gè)領(lǐng)域。

  CRISPR技術(shù)雖然被譽(yù)為基因編輯領(lǐng)域的革命性工具,但其應(yīng)用過(guò)程中依然存在一些不可忽視的局限性。這些局限性不僅影響了CRISPR技術(shù)的編輯精確性和特異性,也對(duì)編輯效率和遞送系統(tǒng)提出了挑戰(zhàn)。

  CRISPR-Cas9系統(tǒng)在特定DNA序列上的切割能力雖然精確,但在實(shí)際操作中,仍有可能發(fā)生非特異性切割,即“脫靶效應(yīng)”。這種現(xiàn)象可能導(dǎo)致非目標(biāo)基因的意外編輯,進(jìn)而引發(fā)細(xì)胞功能的異常甚至突變。

  脫靶效應(yīng)的成因:主要與引導(dǎo)RNA(gRNA)設(shè)計(jì)有關(guān)。gRNA與DNA的互補(bǔ)不完全可能導(dǎo)致Cas9錯(cuò)誤識(shí)別目標(biāo),從而切割錯(cuò)誤的DNA序列。

  影響因素:脫靶效應(yīng)的發(fā)生率受多種因素影響,包括gRNA的序列特異性、Cas9蛋白的表達(dá)水平以及細(xì)胞類型等。

  為了減少脫靶效應(yīng),研究人員已經(jīng)開(kāi)發(fā)出多種策略和工具,如優(yōu)化gRNA設(shè)計(jì)、使用高保線變體、采用脫靶檢測(cè)技術(shù)等,以提高CRISPR技術(shù)的精確性和特異性。

  CRISPR技術(shù)的編輯效率受到多種因素的限制,其中遞送系統(tǒng)的選擇和優(yōu)化是關(guān)鍵因素之一。有效、安全地將CRISPR組件遞送到目標(biāo)細(xì)胞中,是實(shí)現(xiàn)高效基因編輯的前提。

  遞送方法:目前常用的CRISPR組件遞送方法包括病毒載體遞送、脂質(zhì)體介導(dǎo)的遞送和納米粒子遞送等。每種方法都有其優(yōu)勢(shì)和局限性,如病毒載體的遞送效率高但可能引發(fā)免疫反應(yīng),而非病毒遞送方法則安全性更高但遞送效率較低。

  細(xì)胞類型的限制:不同的細(xì)胞類型對(duì)CRISPR組件的接收能力不同,這也影響了編輯效率。例如,某些細(xì)胞類型對(duì)病毒載體的感受性較低,可能需要采用其他遞送策略。

  為了克服這些局限性,研究人員正致力于開(kāi)發(fā)新的遞送技術(shù)和改進(jìn)現(xiàn)有方法,目標(biāo)是實(shí)現(xiàn)更高效、更安全的CRISPR組件遞送。

  CRISPR技術(shù)自誕生以來(lái),其在基因編輯領(lǐng)域的應(yīng)用迅速拓展,特別是在基因治療和農(nóng)業(yè)生物技術(shù)研究中展現(xiàn)了巨大的潛力和實(shí)際價(jià)值。

  隨著CRISPR-Cas9技術(shù)的不斷成熟,其在基因治療領(lǐng)域的應(yīng)用逐步展現(xiàn)。通過(guò)精確修改或修復(fù)病理性基因,CRISPR-Cas9為遺傳性疾病的治療提供了新的可能。

  遺傳疾病的靶向修復(fù):CRISPR-Cas9技術(shù)能夠針對(duì)特定的遺傳缺陷進(jìn)行精確編輯,實(shí)現(xiàn)疾病相關(guān)基因的修復(fù)或功能性調(diào)控,為遺傳病患者帶來(lái)了新的希望。例如,針對(duì)β-地中海貧血和鐮狀細(xì)胞貧血等血液疾病的基因治療已進(jìn)入臨床試驗(yàn)階段。

  癌癥治療的研究:利用CRISPR-Cas9技術(shù)靶向癌基因或腫瘤抑制基因,研究人員能夠更深入地理解癌癥的發(fā)生機(jī)制,并探索新的治療方法。

  在農(nóng)業(yè)生物技術(shù)領(lǐng)域,CRISPR技術(shù)的應(yīng)用正在重新定義作物改良和遺傳研究的邊界。

  作物品種改良:通過(guò)CRISPR技術(shù),研究人員可以精確編輯作物基因組,提高作物的產(chǎn)量、耐病性和營(yíng)養(yǎng)價(jià)值。例如,通過(guò)編輯水稻和小麥中的特定基因,提高了其抗旱和抗病性能。

  功能基因的研究:CRISPR技術(shù)在植物和動(dòng)物模型中被廣泛用于功能基因的鑒定和驗(yàn)證,加速了生物學(xué)基礎(chǔ)研究的進(jìn)展。

  隨著CRISPR基因編輯技術(shù)的快速發(fā)展,技術(shù)創(chuàng)新與優(yōu)化成為推動(dòng)該領(lǐng)域進(jìn)步的關(guān)鍵因素。

  為解決CRISPR-Cas9系統(tǒng)可能引發(fā)的脫靶效應(yīng)問(wèn)題,研究人員通過(guò)蛋白工程技術(shù)開(kāi)發(fā)了高保真(Hi-Fi)CRISPR系統(tǒng)。這些高保線蛋白結(jié)構(gòu),顯著降低了非目標(biāo)DNA位點(diǎn)的切割,從而提高了基因編輯的特異性。

  Cas9蛋白的改良:通過(guò)對(duì)Cas9蛋白的關(guān)鍵氨基酸進(jìn)行突變,改變其與DNA的相互作用方式,從而減少對(duì)非目標(biāo)序列的識(shí)別和切割。

  編輯效率與特異性的平衡:高保真CRISPR系統(tǒng)在降低脫靶風(fēng)險(xiǎn)的同時(shí),仍保持了較高的編輯效率,使其在臨床研究和治療應(yīng)用中更加安全可靠。

  隨著基因編輯技術(shù)的廣泛應(yīng)用,實(shí)驗(yàn)流程的自動(dòng)化和精密化成為提高實(shí)驗(yàn)效率和準(zhǔn)確性的關(guān)鍵。CRISPR技術(shù)的自動(dòng)化不僅可以加速基因編輯項(xiàng)目的進(jìn)展,還可以提高編輯的一致性和重復(fù)性。

  自動(dòng)化編輯平臺(tái):開(kāi)發(fā)集成化的CRISPR編輯平臺(tái),通過(guò)軟件控制實(shí)現(xiàn)高通量的樣本處理、gRNA設(shè)計(jì)和篩選,以及基因編輯效果的評(píng)估,顯著提升實(shí)驗(yàn)的效率和準(zhǔn)確度。

  精密化編輯工具:結(jié)合生物信息學(xué)工具和深度學(xué)習(xí)算法,優(yōu)化gRNA的設(shè)計(jì)和選擇,提高特定基因靶點(diǎn)的編輯精確度,減少脫靶效應(yīng)的發(fā)生。

  堿基編輯技術(shù)(Base Editors, BEs):通過(guò)將Cas9變體(缺少切割能力)與細(xì)胞色素脫氨酶(如APOBEC1)融合,開(kāi)發(fā)出能夠?qū)崿F(xiàn)C到T(或G到A)編輯的基礎(chǔ)編輯技術(shù),避免了雙鏈斷裂(DSB)的產(chǎn)生,從而減少了可能引起的基因組不穩(wěn)定性。

  Prime Editors (PEs):通過(guò)融合改造后的Cas9(nickase)和逆轉(zhuǎn)錄酶,能夠引導(dǎo)更復(fù)雜的DNA修飾,如小范圍插入、刪除和單堿基替換,無(wú)需DSB或供體DNA模板,大大擴(kuò)展了CRISPR技術(shù)的編輯能力。

  CRISPR引導(dǎo)的重組酶和轉(zhuǎn)座子技術(shù):為了實(shí)現(xiàn)大片段DNA的精確插入,研究人員開(kāi)始探索將CRISPR系統(tǒng)與重組酶或轉(zhuǎn)座子結(jié)合的方法,這種方法不依賴于DSB,從而在細(xì)胞中插入大片段DNA時(shí)減少了基因組不穩(wěn)定風(fēng)險(xiǎn)。

  CRISPRi(CRISPR干擾)和CRISPRa(CRISPR激活):兩種利用CRISPR-Cas系統(tǒng)進(jìn)行基因表達(dá)調(diào)控的技術(shù)。這兩種方法都依賴于催化活性被阻斷(失活)的Cas9蛋白(稱為dCas9),它能夠特異性地結(jié)合到DNA,但不會(huì)切割DNA。通過(guò)將dCas9與不同的效應(yīng)分子融合,可以對(duì)目標(biāo)基因的表達(dá)進(jìn)行上調(diào)或下調(diào),而不改變DNA序列。CRISPRi通過(guò)將dCas9融合到諸如KRAB(Krüppel-associated box)這樣的轉(zhuǎn)錄抑制域,然后將這種構(gòu)建物定向到基因啟動(dòng)子區(qū)域,從而阻止RNA聚合酶的結(jié)合和啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄過(guò)程,達(dá)到抑制基因表達(dá)的目的。CRISPRi技術(shù)可以用來(lái)有效地降低特定基因的活性,用于功能基因組學(xué)研究和疾病模型的建立。CRISPRa則是通過(guò)將dCas9融合到轉(zhuǎn)錄激活因子,如VP64等,然后定向到特定基因的啟動(dòng)子或增強(qiáng)子區(qū)域,從而增強(qiáng)該基因的轉(zhuǎn)錄和表達(dá)。CRISPRa可以用于研究基因過(guò)表達(dá)對(duì)細(xì)胞功能的影響,以及開(kāi)發(fā)潛在的治療策略,特別是在需要增強(qiáng)某個(gè)保護(hù)性基因表達(dá)的情況下。

  靶向RNA的沉默和修飾(Targeted RNA silencing and modifications):通過(guò)特定的CRISPR-Cas系統(tǒng),例如Cas13酶,針對(duì)RNA進(jìn)行靶向沉默或修改的技術(shù)。這類技術(shù)的開(kāi)發(fā),為RNA層面的精確編輯提供了新的可能性,特別是在那些DNA編輯不是最佳選擇的情況下。通過(guò)定向編輯mRNA,這種方法能夠以可逆的方式調(diào)整基因表達(dá),而不改變基因組DNA序列,從而在一定程度上降低了基因編輯的風(fēng)險(xiǎn)。此外,利用dCas13蛋白融合體進(jìn)行的目標(biāo)RNA修飾,還拓展了對(duì)RNA的編輯能力,包括但不限于增加m6A等表觀遺傳修飾。這些技術(shù)在基礎(chǔ)研究、疾病模型構(gòu)建以及未來(lái)的治療策略中,展現(xiàn)了巨大的應(yīng)用潛力。

  人工智能(Artificial Intelligence, AI)在CRISPR中的應(yīng)用:AI和深度學(xué)習(xí)技術(shù)正在被用于預(yù)測(cè)CRISPR編輯的結(jié)果,包括提高目標(biāo)特異性和減少非目標(biāo)編輯(off-target effects)。這些計(jì)算工具可以幫助研究者設(shè)計(jì)更有效、更安全的CRISPR編輯策略。

  在CRISPR基因編輯技術(shù)快速發(fā)展的今天,新興技術(shù)與方法的探索從未停止。

  更精確的基因編輯技術(shù):隨著對(duì)CRISPR技術(shù)了解的深入,研究人員正在研發(fā)更精確和高效的基因編輯工具。這包括針對(duì)更長(zhǎng)或更復(fù)雜DNA序列的編輯技術(shù),以及能夠在非分裂細(xì)胞中高效工作的技術(shù)。

  CRISPR引導(dǎo)的重組酶和轉(zhuǎn)座酶:為了實(shí)現(xiàn)在分裂活動(dòng)較少的細(xì)胞(如神經(jīng)細(xì)胞)中進(jìn)行高效的基因插入,研究人員正在開(kāi)發(fā)新型的CRISPR引導(dǎo)的重組酶和轉(zhuǎn)座酶系統(tǒng)。這些系統(tǒng)有望實(shí)現(xiàn)大片段DNA的精準(zhǔn)插入。

  基于逆轉(zhuǎn)錄過(guò)程的基因編輯技術(shù):新型的基因編輯方法利用逆轉(zhuǎn)錄過(guò)程,允許更長(zhǎng)的DNA片段插入目標(biāo)基因組中。這為疾病模型的構(gòu)建和遺傳治療提供了新的可能性。

  表觀基因組編輯:表觀基因組編輯技術(shù)不改變DNA序列,而是通過(guò)修改基因表達(dá)的調(diào)控來(lái)達(dá)到治療效果。這類技術(shù)對(duì)遺傳治療的安全性和倫理問(wèn)題提出了新的解決方案。

  RNA編輯技術(shù):RNA編輯是一種相對(duì)較新的技術(shù),它可以直接修改細(xì)胞內(nèi)的mRNA分子,而無(wú)需改變DNA本身。這為治療基因疾病提供了一種更安全、更可逆的方法。

  人工智能在基因編輯中的應(yīng)用:人工智能和深度學(xué)習(xí)算法在基因編輯領(lǐng)域的應(yīng)用日益增多,它們有助于預(yù)測(cè)基因編輯的結(jié)果,提高編輯的精確度和效率,尤其是在治療應(yīng)用中的安全性和有效性。

  隨著CRISPR基因編輯技術(shù)的快速發(fā)展和廣泛應(yīng)用,其所面臨的倫理、社會(huì)及法律監(jiān)管挑戰(zhàn)也日益凸顯。

  CRISPR技術(shù)在基因療法和基因改良方面的潛力巨大,但其可能引發(fā)的倫理爭(zhēng)議也不容忽視。例如,基因編輯技術(shù)用于胚胎、生殖細(xì)胞的修改可能會(huì)對(duì)人類遺傳基因產(chǎn)生永久性影響,引起廣泛的倫理和道德討論。社會(huì)對(duì)基因編輯技術(shù)的接受程度不一,不同文化和宗教背景下,人們對(duì)于基因編輯的態(tài)度和看法各異,這對(duì)技術(shù)的推廣和應(yīng)用構(gòu)成了挑戰(zhàn)。

  基因編輯技術(shù)的應(yīng)用還引發(fā)了遺傳公平性的問(wèn)題,即技術(shù)可能加劇社會(huì)不平等,使得基因編輯成為富裕階層的專利,而忽略了對(duì)廣大的影響。

  隨著CRISPR技術(shù)的飛速發(fā)展,各國(guó)政府和國(guó)際組織正努力建立相應(yīng)的法律和監(jiān)管框架,以確保技術(shù)的安全、有效和倫理應(yīng)用。監(jiān)管框架的建立涉及到技術(shù)使用的范圍、研究資格的限制以及審批流程的嚴(yán)格規(guī)定。在全球范圍內(nèi),對(duì)CRISPR技術(shù)的法律監(jiān)管還需要國(guó)際間的合作和標(biāo)準(zhǔn)化,以促進(jìn)科學(xué)研究的同時(shí),防止技術(shù)濫用和倫理風(fēng)險(xiǎn)。

  制定與CRISPR技術(shù)發(fā)展相適應(yīng)的法律監(jiān)管政策是一項(xiàng)挑戰(zhàn),需要在促進(jìn)科技創(chuàng)新與保障公眾利益之間找到平衡點(diǎn)。同時(shí),監(jiān)管機(jī)制需要具有一定的靈活性,以適應(yīng)技術(shù)進(jìn)步帶來(lái)的新情況和新挑戰(zhàn)。

  CRISPR技術(shù)的未來(lái)發(fā)展不僅需要研究人員的不懈探索和創(chuàng)新,還需要倫理學(xué)家、法律專家、政策制定者以及公眾的共同參與。通過(guò)全面考慮倫理和法律問(wèn)題,制定合理的監(jiān)管措施,CRISPR技術(shù)才能在確保安全和倫理的基礎(chǔ)上,為人類帶來(lái)更多福祉。

  提高編輯效率和精確性:繼續(xù)優(yōu)化CRISPR系統(tǒng),降低脫靶效應(yīng),提升基因編輯的準(zhǔn)確度和安全性。

  擴(kuò)展CRISPR系統(tǒng)的多樣性:研究和開(kāi)發(fā)新的CRISPR系統(tǒng),如Cas12、Cas13等,拓展基因編輯的可能性和應(yīng)用范圍。

  增強(qiáng)遞送系統(tǒng)的有效性:改進(jìn)CRISPR組分的遞送方法,確保其能夠更有效、更安全地到達(dá)目標(biāo)細(xì)胞。

  促進(jìn)倫理和法律研究:與倫理學(xué)家、法律專家合作,研究和制定適應(yīng)技術(shù)發(fā)展的倫理指導(dǎo)原則和法律規(guī)范。

  加強(qiáng)跨學(xué)科合作:推動(dòng)生物學(xué)、醫(yī)學(xué)、倫理學(xué)、法律和社會(huì)科學(xué)等領(lǐng)域的合作,促進(jìn)CRISPR技術(shù)全面、均衡的發(fā)展。

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  聲明:本文旨在于傳遞行業(yè)發(fā)展信息、探究生物醫(yī)藥前沿進(jìn)展。文章內(nèi)容僅代表作者觀點(diǎn),并不代表醫(yī)麥客立場(chǎng),亦不構(gòu)成任何價(jià)值判斷、投資建議或醫(yī)療指導(dǎo),如有需求請(qǐng)咨詢專業(yè)人士投資或前往正規(guī)醫(yī)院就診。返回搜狐,查看更多

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