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話說CRISPR技術(shù)的利與弊

來源:網(wǎng)絡(luò)

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日期:2025-03-26 05:33:50

  技術(shù)。這個當年名聲大噪的技術(shù),現(xiàn)今依舊熱度不減,尤其是我們的CRISPR大神張鋒,近期發(fā)表的文章頻頻亮相于知名雜志,又引起一片熱議。時過境遷,CRISPR技術(shù)并沒有銷聲匿跡,一直在線。但任何事物包括技術(shù)

話說CRISPR技術(shù)的利與弊(圖1)

  火了四年之久的技術(shù),耳熟能詳?shù)膬?yōu)勢顯而易見:摒棄了對于ES細胞的依賴,CRISPR技術(shù)實現(xiàn)了對大鼠、豬、猴、斑馬魚等多種物種的編輯;CRISPR技術(shù)依賴于Cas9和sgRNA實現(xiàn)“精準”切割,簡化實驗步驟,大大縮短實驗周期。周期短、工作量小,隨之而來的就是費用的降低。綜上,性價比高的技術(shù)當然當仁不讓的會一直火。

話說CRISPR技術(shù)的利與弊(圖2)

  CRISPR技術(shù)自問世以來,被應(yīng)用至世界各地眾多實驗室中進行科學研究,在享受其優(yōu)勢的同時,它的弊端也是眾所周知:sgRNA與Cas9蛋白這哥倆,并不是時時刻刻都兢兢業(yè)業(yè)工作的,誰還沒有倦怠的時候呢?本應(yīng)該精準定位的sgRNA也有走眼的時候,本應(yīng)該識別標準PAM序列 的Cas9蛋白,也偶爾不走心,結(jié)果就是脫靶,影響了編輯的效率。

  醫(yī)生治病講究對癥下藥,科研思路也不例外。找出原因解決問題,既然是sgRNA和Cas9蛋白出現(xiàn)了毛病,那么我們就針對不同病癥采取不同方式:

話說CRISPR技術(shù)的利與弊(圖3)

 ?。?)改變自我:改變sgRNA 的長度,截斷5 端的2-3 個堿基或在識別序列前加2 個鳥嘌呤,切割活性不變, 脫靶率降低5000 倍。

  (2)提升自我:增加sgRNA 的穩(wěn)定性。如在gRNA 中增加一對A-U 堿基配對等方法。此外, 有研究表明Cas9 直系同源酶對某些位點的特異性較SpCas9 高,這無疑為提高特異性提供了一條新思路。

  專一性對于家庭是很重要,而對于CRISPR技術(shù)也是很重要。專一性一方面與自身有關(guān),另一方面也與環(huán)境的誘惑有關(guān),因此對于Cas9蛋白,我們要從內(nèi)和外兩個因素去考慮。

話說CRISPR技術(shù)的利與弊(圖4)

 ?。?) 擦亮眼睛,辨認出誰是你的Mr/Mrs Right:增強Cas9 蛋白對標準PAM 序列的識別能力,突變體D1135E對標準PAM 的識別更加特異,從而降低因識別非標準PAM 序列而引起脫靶。

  (2)與對的人相親相愛就好,不要老是沾花惹草:將Cas9蛋白進行定點突變形成eSpCas9和SpCas9-HF1,突變體減弱了Cas9 蛋白與DNA 的非特異性結(jié)合的能力,增強靶向序列與Cas9 蛋白結(jié)合的競爭力。

話說CRISPR技術(shù)的利與弊(圖5)

 ?。?)減少外界誘惑:調(diào)控Cas9 蛋白在細胞中的表達量。通過使用誘導型啟動子、插入4-HT 依賴的內(nèi)含肽等方法構(gòu)建誘導型Cas9 蛋白,減少基因組暴露于Cas9 與sgRNA 復合體的時間, 即減少Cas9 與非靶向序列的結(jié)合概率,進而降低脫靶率。

 ?。?)斷舍離:僅保留其核酸識別能力,斷除其核酸內(nèi)切酶的活性。當然對于自身也是必須的:降低HNH 或RuvC 結(jié)構(gòu)域功能的突變體H840A 和D10A;構(gòu)建使Cas9 蛋白喪失核酸內(nèi)切酶活性,借助其他核酸內(nèi)切酶實現(xiàn)基因編輯的CRISPRi和FokⅠ-dCas9。

話說CRISPR技術(shù)的利與弊(圖6)

  對大量數(shù)據(jù)統(tǒng)計數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn),采用ES細胞方式制備,隨機插入概率約為20%,采用CRISPR/Cas9技術(shù),大約有32%的概率有隨機插入。而這32%中有14%的隨機插入無法依靠交配傳代去除,排除隨機插入的金標準是Southern blot。百奧賽圖嚴把質(zhì)量關(guān),堅持進行Southern blot檢測,確?;蚓庉嫬@得的動物無隨機插入。

話說CRISPR技術(shù)的利與弊(圖7)

  Southern雜交的目的是為了檢測目的基因的插入位置及拷貝數(shù)量。Southern blot雜交是進行基因組DNA特定序列定位的方法,其操作過程:利用電泳分離經(jīng)酶消化后的DNA片段,然后再將膠上的DNA變性并在原位將單鏈DNA片段轉(zhuǎn)移至尼龍膜或其他固相支持物上,經(jīng)干烤或者紫外線照射固定,再與相對應(yīng)結(jié)構(gòu)的DIG標記探針進行雜交,用放射自顯影或酶反應(yīng)顯色,從而檢測特定DNA分子的含量。

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